Чтобы добавить собственный пункт в контекстное меню Nautilus (правой клавишей на файле, открыть с помощью какой-либо программы), необходимо установить Nautilus-Actions из менеджера приложений Synaptic:

Synaptic Nautilus-Actions

Либо командой:

sudo apt-get install nautilus-actions