Реализация довольно проста. При клике по ссылке в навигации блокируем стандартное действие браузера, берем атрибут href, ищем блок с этим ID и вычисляем высоту от начала страницы. Добавляем плавную анимацию. Ниже пример HTML и jQuery кода.

Плавный скроллинг к блоку на jQuery