Для того, чтобы удалить все файлы во вложенных директориях необходимо использовать команду find, которая рекурсивно все файлы (только файлы) и удалит.

find . -type f -delete

Лучше всего перед удалением запустить без ключа -delete для того, чтобы отобразились удаляемые файлы.

Второй вариант: можно использовать команду rm.

find . -type f -exec rm -rfv {} \;