Для того, чтобы удалить все файлы во вложенных директориях необходимо использовать команду find, которая рекурсивно все файлы (только файлы) и удалит.
find . -type f -delete
Лучше всего перед удалением запустить без ключа -delete для того, чтобы отобразились удаляемые файлы.
Второй вариант: можно использовать команду rm.
find . -type f -exec rm -rfv {} \;