В Ubutu по умолчанию используется кодировка UTF-8. Из-за разницы в кодировках файлов, созданных в других операционных системах, использующих кодировку Windows-1251, текст файлов в текстовом редакторе Gedit может отображаться некорректно.
Устранить проблему можно с помощью редактора Dconf-Editor. Если редактор не установлен, то набраем в консоли:
sudo apt-get install dconf-tools
Запускаем Dconf-Editor и переходим по пути: org->gnome->gedit->preferences->encodings
Редактируем ключ auto-detected, вписав нужную кодировку, например Windows-1251.