Установив Skype на свежепоставленную Ubuntu 12.04, перестала отображаться иконка в трее. Фиксим.
Необходимо воспользоваться dconf-editor. Если не установлен:
sudo apt-get install dconf-tools
Запускаем.
Переходим в Desktop > Unity > Panel. Редактируем содуржимое systray-whitelist на ['all'].
Для вступления изменений в силу необходима перезагрузка.