Несколько маршрутов на Yandex.Maps реализуется следующим образом:

undefined

ymaps.vow.all([
    ymaps.route(['Москва, метро Смоленская', 'Москва, метро Арбатская']),
    ymaps.route(['Москва, улица Крылатские холмы', 'Москва, метро Пионерская'])
]).spread(function (route1, route2) {
    myMap.geoObjects.add(route1).add(route2);
    ymaps.geoQuery(route1.getPaths()).add(route2.getPaths()).applyBoundsToMap(myMap);
});

P.S. для версии API 2.1