В текстовом редакторе Geany 0.21 глючный механизм изменения цветовой схемы, поэтому обновимся под последнюю версию (в данный момент - 1.24.1).
Устанавливаем утилиту aptitude для работы с пакетами, если не стоит:
sudo apt-get install aptitude
Обновляем Geany:
sudo add-apt-repository ppa:geany-dev/ppa
sudo aptitude update && sudo aptitude install geany geany-plugins
sudo aptitude install geany