Для начала определимся с "условными директориями" для обоих вариантов. Чистый репозиторий: /project/git. Рабочие копии: /project/alfa и /project/beta.

Итак, все мы пользуемся логами и для того, чтобы не пушить ненужные файлы, создадим файл игонора.

vim .gitignore в нём пишем log

Инициализируем первую рабочую копию, зайдя в /project/alfa.

git init

Добавим в нее все файлы из этой директории.

git add .

Проверим и закоммитим изменения.

git status
git commit -m -a "Создание рабочей копии alfa"

Создадим чистый репозиторий.

git clone --bare /project/alfa /project/git/project.git

Получив сообщение об успешном выполнении создадим вторую рабочую копию beta.

mkdir /project/beta
cd /project/beta

Инициализируем.

git init
git remote add shared /project/git/project.git
git branch --track shared master

И спуливаем данные.

git pull shared master
git commit -m -a "Создание рабочей копии beta"