Чтобы разрешить перетаскивание метки, необходимо добавить опцию draggable: true.

Ниже приведен пример js-скрипта, выводящий я.карту с перетаскиваемой метокой, вычислением новых координат и записью их в поле input.

JS:

<script type="text/javascript">
    var myMap, myPlacemark;

    ymaps.ready(init);

    function init() {
        myMap = new ymaps.Map("map", {
            center: [45.035515, 38.969269],
            zoom: 14,
            behaviors: ['scrollZoom', 'drag']
        });
        myMap.controls.add('smallZoomControl', {
            top: 200,
            left: 5
        });
        myPlacemark = new ymaps.Placemark([45.035515, 38.969269], {}, {
            draggable: true
        });
        $("#coords").attr("value", '45.035515,38.969269');
        myMap.geoObjects.add(myPlacemark);

        myPlacemark.events.add("dragend", function (e) {
            coords = this.geometry.getCoordinates();
            savecoordinats();
        }, myPlacemark);
    }

    function savecoordinats() {
        var new_coords = [coords[0].toFixed(6), coords[1].toFixed(6)];
        myPlacemark.getOverlay().getData().geometry.setCoordinates(new_coords);
        document.getElementById("coords").value = new_coords;
    }
</script>

HTML:

<div id="map" style="width:700px;height:500px;"></div>
<input id="coords" name="coords" />